(一)位于广东曲江县东北。以云门宗之祖云门文偃居此而称名于世。文偃初参睦州道明，后至雪峰谒义存，领得玄要。旋承敏禅师之后，住韶州灵树寺。未久，迁于此山，再兴废址，建立新堂，号光泰禅院。后改称证真寺、大觉寺、云门寺。以其教化及于四方，禅徒辐辏，门风甚盛，遂依宗名而名此山为云门。［景德传灯录卷十九、古尊宿语录卷十八、禅林僧宝传卷二、五灯会元卷十五］

(二)位于山东益都县南约三公里。又称云峰山。西与驮山隔谷相对，东南扼劈山之通道。因与驮山皆存有隋唐时代之石刻佛像而著名。山中有龙潭，山顶巉岩突兀，上有祠庙。断崖之南有洞门，可通于山顶，水经注载其“山窟洞开，望之如门”，遂有云门之名。山之内壁有小佛像三十尊，为隋代所造。小佛中有开皇十七年（597）、十八年之铭文。［古今图书集成职方典第二二○、中国佛教史迹评解卷四］

(三)位于浙江绍兴县南十八公里。又称东山。山中有云门寺，为东晋安帝时所建。唐代僧智永尝居此三十年。此外，邻近复有显圣寺、雍熙寺、普济寺、名觉寺等。［大明一统志卷四十五、大清一统志卷二二六］ p5335