(一)位于江苏江宁。创建于南朝宋文帝元嘉年间（424～453）。经过会昌法难，于唐代大中年间（848～859）复兴，改称报先院；南唐升元年间（937～942）改称兴玆寺。又宋代太平兴国年间（976～983）改名承天寺；宋政和年间（1111～1117）改名能仁寺。

(二)位于江西九江东部。创建于南朝梁武帝（502～549）时代，初名承天院。明代弘治二年（1489）改称能仁寺。后多次扩建，现存建筑多为清代同治九年（1870）复建。系九江三大丛林之一（另二为龙池寺、舍利寺，今已荒废）。面积约三千平方公尺。内有大雄宝殿、铁佛殿、左右禅房、藏经楼等古建筑，及大胜塔、双阳桥、飞来石船、雨穿石、冰山、雪洞、诲尔泉等七景，为九江著名之古建筑群。其中大胜塔位于能仁寺大雄宝殿东南侧，建于东晋，后渐荒废，唐代大历年间（766～779）白云守端禅师重建。几经兵火毁坏，复修建。塔共七层，高四十二点二六公尺。其左侧底层镶嵌石碑一座，系同治十一年白景福所撰之重修大胜宝塔碑记，千余年来饱经地震及风雨剥蚀，仍巍然屹立。

(三)位于江苏吴县。据传开山祖为雪窦重显之弟子，即云门宗之传宗。宋代称承天寺，明代改称能仁寺。因寺内有二土阜突起，故又称双峨寺。

(四)位于浙江雁荡山之西内谷丹芳岭下，即四十九盘岭。相传诺讵那为开山祖。宋太平兴国元年（976），僧全了入山结庵而居，题名芙蓉庵，至咸平二年（999）始建殿宇。四年，寺僧进百宝塔，赐名“承天寺”。绍兴十二年（1142），郡守阎丘昕奏改“能仁禅院”，遂为雁荡山大道场。［中国佛寺志雁山志卷二］ p4291